Podle mě jsou tam dva problémy:

1. uživatelská nepřátelskost systému (žádní průvodci ani srozumitelný a jednoduchý manuál, vadná (byrokratická) terminologie, neproškolený personál)
2. složitost a neprovázanost systému na ostatní systémy a procesy (to může ale taky nemusí mít nějaký relevantní důvod)

Nikdo taky neví, kdo dělal zadání, zda to taky nebylo tak, že si celní správa zadala zadání přesně takto - ale samozřejmě to taky mohl být případ "spřátelená firma Pepa Karásek a syn." Naopak bych nekritizoval kontrolu RČ apod., protože je známo, že RČ není unikátní identifikátor (ačkoli je takto prezentován)

U nás byl krásný příklad zavádění EET, kde to taky nebylo až téměř do ostrého startu jak pořádně otestovat a v podstatě ani nebylo dlouho jasné, jaký bude formát datových vět - viz památný L-Coreův thread. Naštěstí to ale bylo pojato systematicky správně, tj. stát požaduje jen datové věty, ale aplikační logika je plně v režii komerčních dodavatelů, tj. každý si může vybrat podle svého gusta.