Takové využití defragmentování podle četnosti přístupu, data apod. bych viděl spíš na nějaký souborový server, tam by se možná vyplatilo i jeho kopírování na pozadí. Na doma je to zhola zbytečnost. ty přece nemáš soubor u kterého je denní požadavek na přístup v miliónech a který je rozsekaný jako kráva (700 megový film rozdělen na 3 fragmenty není fragmentace). Systém si soubory, které musí mít velmi rychlý přístup ukládají do RAM (registry), zbytek ti vezme obyč defrag. Často fragmentované soubory jsou vesměs v internetových dočasných souborech a ty se dají vymazat.

Já osobně používám contig (vypadá to jako utilita od MS, ale je to od sysinternals).
http://technet.microsoft.com/en-us/sysinternals/bb8 97428.aspx

Grafické rozhraní včetně contigu se dá stáhnout tu:
http://www.softpedia.com/progDownload/Power-Defragm enter-Download-20185.html