Pak bych doporučil co nejméně ztrátovou kompresi. Když to pak vložíš do jiného projektu, pak se nemusí provádět složitá rekomprese -> ztráta kvality. Výsledné video samozřejmě budeš renderovat s H.264, nebo XviD. Pokud je tam na výběr Motion JPEG, tak zvol ten. Zřejmě to bude možnost JPEG Sequence.