Nastavení nech výchozí. Tzn. záložek si nevšímej a v levém sloupci zkontroluj, zda je nastaven režim demux. Přes File/Add otevři požadované video a pak stiskni tlačítko Go! To je celé.
Oddělené a opravené streamy (ale pozor, většinou pochopitelně dojde k zahození chybných snímků - viz výpis a vizuální kontrola) pak musíš ještě něčím slepit dohromady (multiplex). Možná to umí VirtualDub ve verzi MPEG, osvědčené jsou MPEG Tools v TMPGEnc Plus, případně Elecard Xmuxer Pro.

edit: Beru zpět ten VirtualDub, neboť jeho výstupem, pokud se nepletu, nemůže být MPEG.
edit2: Co se týče authoringu, tak na ten slepovat netřeba. Tam stačí načíst oba streamy zvlášť.