Tu mas pinout USB3.0 http://www.pinout.net/connectors/USB3.0_SuperSpeed _Tutorial.jpg ten prostredny.
Do dosky privedies len tie vrchne 4 piny (zvycajne draty cerveny,biely,zeleny,cierny) na spravne piny nejakeho portu dosky (podla navodu k doske). Jak to urobit to uz necham na teba :) Bastlit budes muset nejak, minimalne vytiahnut piny z konektora co ma ist do dosky ptz tusim ze nie su nijak kompatibilne tie konektory co idu do dosky. Zapojit sa to ale da principialne.