To se nemůžu říct s jistotou - myslím že instalační shellskript Vmware tools je schopen stávající konfiguraci přepsat. Ale nemyslím že vždy. Ostatně instalátor Vmware tools pro linux je pěkně bugový a jsou s ním samé problémy.

Jistější bude když uděláš novou instalaci přesně podle pokynů manuálu Vmware.