Pokud používáte pro správu citací nástroj k tomu ve wordu určený, měla by zůstat vždy jen jedna citace, protože si ji vkládáte sama (odkaz). Stejné je to i s poznámkou pod čarou. Respektive pro seznam citací se používá její vygenerování (obvykle na konci celého dokumentu). Poznámka pod čarou se vloží na příslušném místě, proto by duplicita neměla vůbec vznikat. viz http://office.microsoft.com/cs-cz/word-help/vlozen i-nebo-odstraneni-poznamky-pod-carou-nebo-vysvetli vky-HP001226522.aspx

Kromě této automatické správy nejspíš nic neexistuje a budete nucena to odmazat ručně.