Pokud USB nefunguje ve dvou různých OS, tak jde téměř jistě o HW závadu.
Zkus úplně odpojit počítač od elektřiny (a preventivně odpoj i všechna USB zařízení). Zkontroluj pohledem všechny USB konektory, zda některý není mechanicky poškzený a nezpůsobuje zkrat. Poté ho opět připoj k rozvodné síti a zapni. Pokud ani pak nedojde ke změně, tak bude základní deska pravděpodobně v háji.
Jako nouzové řešení můžeš pořídit USB řadič na přídavné kartě.

PS: Pokud máš USB klávesnici, lze se s její pomocí dostat do SETUPu (obvykle tlačítko <DEL> či <F2>)?