Ano, taková kurvítka jako CCleaner a spol. Problém, který máš, jsou znehodnocené registry, to se stává většinou po čištění registrů. Neříkám, že to nejde opravit, ale není to nic triviálního.

Nainstalovat další instanci Windows můžeš, z ISO souboru však těžko. Pokud nemáš další oddíl na disku nebo druhý HDD, tak to bude další problém.