Ovšem já zpětně znám pouze jména zatržených inputů a jejich hodnoty.

Právě na serveru mám seznam všech položek a ty porovnávám.

Řídil jsem se prvním tvrzením.
Asi fakt úloze nerozumím (resp. ji neznám celou), protože pokud platí druhé, pak bych opravdu negeneroval jména dynamicky a jenom bych vše testoval isset ...
Anebo teda dynamicky, ale určitě bych ten výpis checkboxů nedělal foreach ($_POST ..., nýbrž podle citovaného seznamu.