Dle dotazu uszuji, že máš Linux. Jaké máš jádro a máš nainstalované knihovny NTF-3G? Když se kopíruje taková kvanta souborů na disk NTFS, tak to někdy nebývá to pravé ořechové. Zkus kopírovat po menších dávkách a na disk mezi tím udělat pod Widlema Scandisk.