Spíše bych to viděl, jako problém televize, jak problém samotného disku WD.
Zkus si dát daný MKV soubor do mkvmerge GUI. Stáhni zde: http://www.videohelp.com/tools/MKVtoolnix
Pak u video souboru, poznáš podle MPEG/MKV aj. v dodatečných volbách vyber komprese - žádná.
Mám taky Samsung TV a když jsem si takto předělal MKV soubor, tak místo hlášky, že neleze přehrát, šel daný MKV přehrát bez problému.
Je to rychlé a bez ztráty kvality.