pokud je konfigurace v registrech, necháš naimportovat. ini soubory rozkopíruješ.
pořád mi bezoblužný instalátor připadá spolehlivý a hlavně - můžeš ho spustit na každém pc kdy chceš.

když nemáš k dispozici .msi balík a musíš odklikávat jakási nastavení v instalátoru, pak by to spíš chtělo spouštět z nějakého makro programu.