Pri FAT a FAT32 má niekedy defragmentácia disku vplyv na rýchlosť načítavania súborov. Defragmentáciu teda možno doporučiť ak je disk hodne zafragmentovaný, ale ako píše p. Fiala, treba to urobiť itneligentným programom. U NTFS by nemalo dochádzať k fragmentácii súborov, iba k fragmentácii disku. Teda na vysvetlenie, na NTFS sa súbor nezapíše na ktorékoľvek prázdne miesto na disku, ak sa tám nevojde celý. Zafragmentovaný disk teda nespôsobí spomalenie načítania súboru, ale klesá využiteľnosť priestoru na disku.