Když chci skrýt nějakou složky nastavím atribut s,r,h?

nesmysl - všechny normální správci souborů to zobrazí, i s atributy hidden, který se dá naivně pojistit system.
hravě to vypíše třeba příkaz attrib. nebo obyčejný dir - prostě mu dáš podmínku /a:-d (nevypisovat adresáře) a on naopak vypíše i skryté soubory.

Když chci ochránit soubor před změnami nastavím jaký atribut? r,a,h?

nastavíš (omezíš) mu přístupová práva. atribut read-only je všem virům i mírně pokročilým uživatelům jen pro legraci.

Mezi přímo spustitelné programy patří bak,bat,com,ini,cfg,msi

.bak, .ini a .cfg zrovna ne.
chybí tam nejběžnější .exe, obdoba .com
chybí tam přípony pro skripty (.js, .vb*), které default mívá systém asociované taky.
skripty pro příkazový řádek mohou mít ve windows i koncovku .cmd
kdo už si zaviroval pc z flashky, ví, že spustitelnou příponou je koncovka .inf (anebo kdo někdy instaloval ovladače) - stejně jako zmíněný .msi
aby to nebylo tak přehledné, spustitelnou příponou může být cokoliv, co virus napadne si zaregistrovat.

co znamená písmenko E?

cokoliv. když někdo neinstaloval win-xp na první primární disk, mohl dostat na e: i pro systémový disk (od visty už to není možné). taky to může být třetí oddíl pevného disku, nebo dodatečný oddíl vytvořený až po detekci cd.
diskety to typicky nejsou, ale ve správě disků je možné je klidně na e: změnit.
pokud už mám v pc disk rozdělený na 2 oddíly, pak e: bude nejspíš optická mechanika.
ale v pc se čtečkami karet to bude spíš ta čtečka, anebo právě zasuntá usb flashka.
nebo si můžu příkazem subst přiřadit písmeno e: libovolnému disku/adresáři.

mě to připadá, že ty dotazy spíš pokládá učitelka, která o tom vůbec, ale vůbec nic neví.