Ťažko mi je "hádať", kde je chyba, ale rozdiely samozrejme sú...
1. súbor a 2. súbor má samozrejme odlišnosti:
a.) video má nepatrný iný bitrate - tam by som problém nevidel
b.) zvuk u prvého súboru má vyšší bitrate (640) než u druhého (448) - čo môže robiť problémy.

Osobne by som vyhádzal nepotrebné zvukové stopy a všetky titulky (ak ich pravdaže potrebuješ, potom nie...).
Asi by som skúsil: vyextrahovať zvukovú stopu a previesť ju do nižšieho bitrate, alebo prekódoval zvukovú stopu do iného kodeku...