Libovolný linux a program příkaz cfdisk (je základní součástí a má i jednoduché "GUI.").
PS: nemyslím, si ,že instalátor Windows by měl problém s layoutem disku, ale zkusit to můžeš
matně si vzpomínám, že tenhle problém kdysi nastal při odpojení od zdroje. Zkusil bych reset biosu.