systém tak nějak tímto způsobem nemá cenu (to spíš bitová kopie disku čistého win)
program files- tam jsou binárky, snadno stažitelné/ instalovatelné
users- ano, tam jsou konfigurace, tvá konfigurace v appdata+ celý profil (plocha apod.), to se vyplatí
program data- konfigurace pro všechny uživatele, ano, vyplatí se.

použij třeba cobian backup a rozhodni se, jestli chceš soubory přepsat nebo verzovat. to záleží na tobě.