Při troše štěstí nemusíš nic ani stříhat.
Pokud máš nyní filmy uložené v kontejneru AVI, otevřeš je ve VirtualDubModu, příp. hlášku o VBR audiu ignoruj (na otázu Do you want to rewrite header odpověz NE), nastav audio i video direct stream copy, a dej uložit jako ... formát MKV (matroška).
Pro představu, nyní jsem takto přepasíroval jeden film v AVI o velikosti 700MB, výsledek má 690MB. Kvalita je identická, těch 10 MB se ušetřilo na režii formátu videokontejneru. AVI zbytečně plýtvá, MKV je modernější.