Je potřeba externí disk opravit. Zvládne to (tedy mohl by) program CHKDSK, který je standardní součástí Windows, akorát je "textový", spouští se z příkazové řádky.
Každopádně toto se dá použít jen krátkodobě a poškozené clustery již nelze spolehlivě opravit a ten disk už se na zálohování rozhodně nehodí.
Na zálohování sílně doporučuji jiný plotnový disk. Flashka je velice nespolehlivé médium, i když se tam nic netočí, tak má mnohem vyšší úmrtnost.

Osobně bych dočasně zazálohoval na tu flashku - lepší mít data někde než nikde - a běžel do krámu pro nový disk. Alternativně lze uvažovat o nějakém internetovém úložišti, pokud jsou dat jednotky GB, pak je možné využít zdarma služeb jako OneDrive, DropBox,...