Jo ještě jsem se dočetl, že by mi mohl "troják" poškodit zabezpečení počítače

Ano. Pokud je tak naprogramovaný, dokáže některý trojan shodit firewall nebo antivir, většinou jen určitou verzi od určitého výrobce... proto jsou důležité bezpečnostní aktualizace operačního systému, antiviru, firewallu.

Jak si můžu být jistý, že ten "hajzl" nepoškodil zrona ten můj v době, kdy se ho můj antivir snažil zabloknout?

Rezidentní štít kontroluje soubory na přítomnost virů ještě před jejich spuštěním. Ten trojan se neměl šanci spustit, nevykonal tedy žádnou zákeřnou činnost.