Osobně jsem provozoval disky v poloze na bok i vzhůru nohama, samozřejmě pokud výrobce v dokumentaci k disku uvede že je takový provoz možný. Nikdy žádný problém.
Jen dodržuji pověru, formátovat disk když je zahřátý na provozní teplotu a v poloze ve které bude provozován. IMHO tohle bylo důležité kdysi dávno když ještě vystavovací mechanika hlaviček nebyla tak přesná, ale kdoví. Třeba je to k něčemu i dnes.