Klasický problém OS na USB Flashdisku. USB flashky nejsou stavěné na provoz 24/7/365, proto takhle blbnou. Měl jsem 2x stejný problém, po půl roce mi server exnul - chyba na Flashce, kterou opravil pouze Low level format. Potom jsem použil na OS postarší 160GB HDD, který jsem kdysi vyndal z notebooku kvůli malé kapacitě a od té doby jedu bez problémů.
Po asi roce jsem přešel na OpenMediaVault, který doporučuji vyzkušet. Akorát není v češtině.
Za ním stojí bývalý hlavní vývofář FreeNASu, který vytvořil to samé, ovšem postavené na Debianu. Pokud tam nebudeš mít SW raid, tak v krajním případě nabootoješ Ubuntu Live a data v pohodě je zachráníš.