To bude nejspíš bug. Jakou máš verzi Avidemuxu? V Ubuntu repositářích je k dispozici nějaká stařičká 2.5.x. Doporučuji použít novější. Nedávno jsem zrovna použil aktuální 2.6.8 pro vkládání další zvukové stopy a se synchronizací nebyl problém. Kdyžtak tady je návod na instalaci.
http://ubuntuhandbook.org/index.php/2014/03/instal l-avidemux-2-6-8-in-ubuntu-13-1012-1012-04/