RDP spojení je samo o sobě šifrované celkem silnou šifrou (platí pro RDP v5.1 a vyšší), nastavení se děje na serveru v administrativní konzoli spojení remote desktopu.

Jinak pro ještě větší bezpečnost samozřejmě doporučuju použít další zabezpečení v podobě VPN, ať už OpenVPN nebo IPsec.