Urob benchmark přes gnome-disks nebo dd nebo CrystalDiskMark. Taky může být chyba na straně pošahaného FS. Kolek je free a jak velké soubory kopíruješ?
Je disk kabel na straně PC zapojen na doraz? To se mi stalo u WD Passport 2TB (jsou to pěkné kousky), kde se jinak pěkná rychlost sekvenční 95MBps zhoršila na 39.