Defragmentace má smysl v okamžiku, kdy na disku dochází místo a zuřivý uživatel na něj stále ukládá velké soubory.
Systém si řídí ukládání souborů sám a pokud má dostatek místa, pak k fragmentaci ani nedochází (mimo nějaké šílené stahovací programy, které systému na začátku neoznámí cílovou velikost a v průběhu stahování velikost souboru po kouskách zvětšují).
Jakmile na disku není dost místa, systému nezbývá nic jiného, než ukládat do všech volných míst. Pak není problém mít soubor rozfrkaný na tisících fragmentech. A to už je na výkonu práce se soubory opravdu znát.