Pár lidí tady zmínilo jako mínus linuxu horší instalaci programů, ale mně se naopak líbí, že nemusím stahovat, ukládat a spouštět nějaký exáč a potom se proklikat spoustou obrazovek.
V linuxu jenom napíši apt-get install jménoSW nebo yum install jménoSW a je to
A když náhodou ten SW není v mých oblíbených repozitářích (opravdu výjimka), tak si balíček vyhledám nebo vyrobím sám nebo si to prostě zkompiluji.
Pravda, tu a tam se vyskytně nějaký problém. Třeba když chci přehrávat MS paskvily typu *.wm nebo *.asf. Ale vše se dá rozchodit.

Sám považuji za největší výhodu linuxu, že kdykoliv se mi něco posralo jak na serverech nebo na desktopu, tak se to vždy dalo vyřešit, opravit. Ve Windows jsem před pár lety, kdy jsem spravoval Win servery vždy trnul, jak "to" dopadne, abych nemusel obnovovat produkční server.

Sám používám v práci linux, doma máme linuxy i windowsy a s obojím jsem vcelku spokojen.