Přihlašte se pod jiným účtem (předpokládám, že s právy administrátora máte alespoň dva), nebo pouze pusťte msconfig s jiným pověřením. Nicméně start nouzového režimu po oné úpravě boot.ini pravděpodobně dopadne stejně jako předtím.
Každopádně na úpravu boot.ini není třeba nic jiného než obyčejný poznámkový blok. Pouze si zapněte zobrazování skrytých souborů a povolte zápis do onoho souboru (je v rootu disku C).

edit: Otázka je, k čemu vám úspěšné rozjetí nouzového režimu v tomto případě nakonec bude. Pokud - jak čtu níže - nechcete znovu instalovat, ještě je tu možnost nahradit soubor system jeho záložní verzí ze složky repair. Sice by vás čekalo přeinstalování nějakých ovladačů, případně i aplikací, ale nemusel byste instalovat celý systém znovu. Otázkou zůstává, co by to natropilo na zašifrovaném disku?