CCleaner je jen program, není to umělá inteligence.

Odinstalace není jen že ti to smaže dané soubory a projede registry. Daný nainstalovaný program může obsahovat daleko více podpůrných prostředků, systémových knihoven, a dalších věcí, které potřebuje ke svému chodu. A odinstalátor je navržený tak, že přesně ví, kam "hrábnout" a co smazat.

CCleaner tudíž nemůže nijak vědět, co je třeba odstranit. To se liší program od programu. Jasně, odstraníš tím pár registrů, ale ve výsledku to vůbec ničemu nepomůže, ten program tam de-facto stále bude, ikdyž registry smázneš CCleanerem a odstraníš fyzické soubory z pruzkůmníku.

Vem si, že ten program si může do systému vložit záznam, že při svém spuštění má spustit další utility. Některý software dokonce upravuje systémové věci a přidává do nich nové funkce.

Odinstalace je proces, při kterém se vše revertně vrátí do stavu před instalací. Kdyby to šlo tak jednoduše, tak by nikdo žádný Uninstaller nevytvářel :) Naštěstí to tak jednoduše nejde, protože jinak bys měl v PC hromadu bordela, který už dávno nepotřebuješ.

PS: A co třeba kontextové nabídky? Když klikneš na něco pravým, některé programy si tam mohou vložit své položky. Kdyby sis ten program jen tak smazal, tak ti tam ta nabídka stále zůstane. Ale to je jen jeden příklad z mnoha.