ono by to asi šlo prohnat nějakým parserem při kopírování, který by obousměrně nahrazoval "škaredé" znaky názvů souborů za "snesitelné", ale osobně bych to nedělal.

edit: tady řešili něco podobného, ale v tomto případě je potřeba mít exaktní remapovací tabulku pro všechny nahrazované znaky: http://askubuntu.com/questions/406313/change-multi ple-filenames-by-replacing-a-character