Příklad máš třeba tady:
http://www.devexp.eu/2009/04/11/php-domdocument-co nvert-array-to-xml/
Můžeš použít PHP funkci
http://php.net/manual/en/function.array-walk-recur sive.php
(já ji ale nepoužívám).
Ať tak či onak, pro procházení a zápis si musíš napsat (nebo opsat) rekurzivní funkci.