Nevím jak to dělá WUBI, ale vím, že ti ho nikdo z IRC Supportu Ubuntu nedoporučí. Ty to máš nainstalované hrozně složitě. Nejdřív spustíš jeden zavaděč Windows, no a ten spustí druhý zavaděč Ubuntu GRUB (pokud jsem to dobře viděl ve videu).

Udělej to tak, že při instalaci hodíš Ubuntu na druhý diskový oddíl (to už asi máš) a nainstaluj GRUB jako hlavní zavaděč, jakmile ho zvolíš tak by měl i najít Windows a automaticky je přidat do seznamu. Jestli ne, tak by to mělo jít opravit z Live CD (Super Grub Disk).

P.S. Jestli to chceš vidět v praxi jak to mám já, tak ti to klidně nahraju