Juj, tak to jsem se "poněkud" spletl a uznávám svoji chybu (a jakožto provinilý ti odpouštím to žvatlání).
Abych svůj hřích napravil, tak ti doporučuji, aby ses v BIOSu podíval, který disk je ten skutečný bootovací: Jestli je to ten nynější C:, nebo ten D:. Je docela klidně možné, že se bootování zahájí na (nynějším) D: a pak se pokračuje na C:. Potom je logické, že tě format nepustí k tomu D:. Adresář Boot, je na obou oddílech, nebo jenom na D:?