ten pepákův článek znám, psal o konfliktu s nějakým usb zařízením - tuším se čtečkou karet, kam chtěl idiotský instalátor windows umísťovat boot oddíl.
předpokládám, že máš minimálně win7 sp1 a taky že víš, co máš v pc za hardware.

když máš nabootovaný gparted, můžeš si rovnou předpřipravit disk pro windows: vytvořit primární oddíl 64gb pro budoucí systém s aplikacemi (nemusíš ho ani formátovat, ale nastav ho jako aktivní). pak druhý oddíl pro data + dokumenty, naformátovat ntfs a pojmenovat třeba "decko".
pak instalovat windows.