Tak zadaj bug autorovi programu - ak to vyžaduje admin práva na zvýrazňovanie syntaxe, tak len on vie, prečo. U mňa sa to tak nechová (mám nainštalovanú normálnu verziu, nie tú portable). Môžeš ešte skúsiť preinštalovať Notepad++. Alebo skúsiť iný editor - Sublime Text alebo Atom sú teraz in.

Edit: Alebo môžeš použiť nejaký tool na sledovanie prístupu k súborom a zistiť, čo presne vyvolalo to UAC okno, aby si to vedel následne upraviť.