vždy dělám bezpečné odpojení

to už od visty lže. vyskočí bublina odpojení, ale windows používají celou volnou paměť jako cache a ještě z ní zapisují. po okamžitých odpojeních externího disku na něm pomalu přibývají chyby souborového systému.
windows při připojení externího disku načítá jeho adresářovou strukturu - za nějakou dobu však načítá jen vadné údaje, proto minulé soubory nevidí.

náhlé odpojení by se dít nemělo, pokud ovšem není kontakt usb zdeformován jinou těžkou flashkou nebo násilím vadně strčenou. nebo pokud nemá externí disk příliš velký odběr a zareaguje nadproudová ochrana u usb2 (usb3 má větší rezervu).