Tak popořadě:

tři bedny, dvě mají krátký Power kabel

Bedna žádný kabel nemá, asi myslíš zdroj. To bude asi nějaký shit, buď vyměnit nebo teda v nouzi použít prodloužení.

Třetí bedna očividně nevlastní distanční sloupky, není ale přišroubovaná přímo k plechu. Jsou tu vypoulené oválky pro zašroubování desky k bedně.

Většinou se i do vypoulených bodů šroubují nejprve distanční sloupky, pak teprve deska! Přečíst manuál.

ale ta druhá deska mi v tom normálně funguje

Každá deska má jiný layout, jinak rozmístěné montážní otvory, atd...

Navíc to bylo zakoupeno jako komplet pc, takže takhle to v bedně už bylo

To vůbec o ničem nevypovídá, i nový PC může skládat totální ignorant, který nepoužije sloupky pod desku a že to deska přežije je šance 50/50.