Rozhodně souhlasím s Touchwoodem. Osobně jsem stejný "problém" vyřešil instalací VirtualBoxu na své pracovní Windows stanici. V něm běží debian s apachem a stejnou verzí php a databází jako na produkčním serveru (a jeho databází). Struktura adresářů s weby je také stejná, jako na produkci. Tím se eliminuje nutnost přenastavovat jakékoliv cesty.
Dále mám na virtualu v /usr/share/php* stejné sdílené knihovny, jako na produkci a pozapínané všechny moduly pro apache/php (rewrite, mcrypt atd..) Ale moc toho naštěstí oproti defaultní instalaci debianu není, takže je to ponastavované za chvilku.

Z IDE se pak připojuju na tuto lokální verzi, kde dělám veškeré úpravy.
Když jsou úpravy ready, tak přes ssh pomocí rsync (na mym virtualu) zkopčím/uploadnu soubory na produkční server. Žádný ruční kopírování, jen spuštění jednoho scriptu, který to obstará. Odpadá tak nutnost přepisovat cesty + si v tom synchronizačním scriptu (což doporučuju používat, než furt psát rsync --tunymodifikatoru..) můžeš udělat třeba kontrolu, jestli už na produkční verzi neexistují nějaké novější soubory, který u sebe ve virtualu nemáš a tímto bys je přepsal a přišel tak o práci. Jak na to, se možná dozvíš, jestli mi někdo odpoví na tento dotaz: http://pc.poradna.net/q/view/1335103-linux-porovna ni-adresaru-novejsich-souboru :)

Případně si můžeš udělat v konfiguráku tvého webu (ne virtualhostu apache, ale tvé php aplikace) podmínku, jestli se zrovna jedná o (připojuješ se na) vývojovou či produkční verzi. Pro každou verzi pak budeš mít rozdílné cesty, ale i ostatní nastavení jako třeba credentials(sorry, český ekvivalent mě teď nenapadá.) k databázi apod.
Záleží teda samozřejmě na tom, jak moc "správnou" cestou jste se vydali a jestli veškerý tyhle "proměnný" jako cesty, údaje k databázi.. máte konfigurovatelný na jednom místě a ne třeba naprasený přímo v útrobách kódu zdrojových.