chyba je v SMB/NetBIOS -- tento protokol (přesněji jeho broadcasty, kterými se na Peer-to-peer sítích bez doménového kontroléru šíří oznámení a elections) neprojde přes routery.
Řešením (lepším, ale drahým) je vytvoření domény a ideálně dvou serverů v každé podsíti a jejich korektní nakonfigurování. Druhé řešení je nějaký netbios repeater (např. winbind ze Samby, pokud mě paměť neklame), který posadíš na VPN servery.