Mikrokontroler je samotný brouk (i když teď se různé názvy používají různě) co může mít v sobě programovou paměť. Třeba tady:
http://mikrokontrolery-pic.cz/zaciname/co-je-to-mi krokontroler/
Tam můžeš napálit program, obvykle prostřednictvím nějakého programátoru. Pak toho brouka zapojíš do nějaké desky kde je přivedené napájení a další věci co jsou potřeba k tomu, aby ten mikrokontrolér začal fungovat tak jak se od něj požaduje.
Například na tom obrázku co jsem ti poslal je mikrokontrolér ten mnohanohový brouk (aspoň myslím) vlevo od písmenek P3, P4. Má v sobě nahraný program (v tomto případě tam ten program nahráli u výrobce a uživatel už s tím nemá nic společného) co umožňuje komunikovat s připojeným PC a nahrát program uživatele (to je jakási nadstavba toho programu co už tam je a do kterého uživatel už nemůže zasahovat, leda by si na to vzal kladivo a majzlík). Ty další brouci mohou být paměti programu uživatele a dat.