Ty jakožto programátor napíšeš zdrojový kód v jazyce C. Kompilátor tento tvůj kód přeloží do .hex, vytvořený .hex nahraješ přes programátor do mikroprocesoru.

Pokud chceš programovat Atmely, tak si na stránkách Atmelu stáhneš vývojový prostředí, jmenuje se to Atmel Studio, třeba zde : http://www.atmel.com/tools/atmelstudio.aspx, pak budeš postupovat přesně tak jak už jsem několikrát popsal. Ještě bych doporučil najít na jůtubu nějaký videjko, jak se s tím dělá ....