Takto dělám synchronizaci některých složek. Používám FreeFileSync, kde si nastavíš, kterou složku chceš plně synchronizovat včetně kontroly změny (čas, velikost) a např. odmazávat to, co se zruší na zdroji a jiné složky, kde chceš kopírovat pouze nové, nic neměnit a nemazat.