tak to co máš je postačující+ audacity na zvuk
na mkv použij mkvtoolnix pro demuxnutí streamů, pokud to nezvládne samotný avidemux.
po úpravách si to v něm zase muxni zpátky.

edit// ono v tom avidemuxu popř. oblíbený videoeditor, pokud je editační problém, by to mohlo stačit přebalit do avi, mpeg kontejneru, pokud podporuje ty streamy (audio i video- kopie, kontejner avi)