Když ale windows spustím v nouzovém režimu tak vše najede. Co mám dělat?

spustit prohlížeč událostí, v něm protokoly windows - systém: podle času zkontrolovat, co hlásilo chyby při normálním spuštění.
spustit nějaký správce startup položek, třeba ms autoruns, řešit co se spouští z větve "run" a jaké startují cizí "services" ne od ms.

cclenaner a podobné hloupé nástroje nic z toho sám vyřešit nedokáže.