přirovnal bych to spíš k nějaké knihovně:
je mi úplně jedno, že nějaký cleaner smaže stránky v nějaké knize na nějaké polici, když mě hierachická struktura v registrech vede do jiného oddělení -> jiného regálu -> jiné police -> do jiné knihy.
nalezení a přečtení záznamu v dospělém oddělení nijak nezrychlí, jestliže byl v dětském oddělení smazán celý regál nepoužívaných knih.

jak se urychlí hledání záznamu v druhém klíči, když první z nich smažu?

HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Classes\.sna
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Policies\Explorer