Neovlivňuje start systému, pokud nebude vadný. Ovlivní maximálně inicializaci před bootem, nic víc. Teoreticky sice může, ale to bys musel ve win mít nastavený swap soubor na ten druhý disk, což určitě nebude tvůj případ. Zkus prohodit kabely nebo ten kabel dej do jiného portu. Ale spíš mě zaráží, proč jsi ho z toho notebooku vytáhl? Když ho dáš zpátky do NB, funguje? Jinak jak už ti psal MM, nabootuj Linux a testuj...