... mám na to program greek a ten sám odinštaluje program ale aj detekuje registry s ním spojené ...

Aha
To mnohé vysvětluje.
Sám prostě do registru nesáhneš, ale programu, který naprogramoval bůhvíjak nějakej Číňan, necháš dělat co se mu zlíbí? Mělo by to být naopak: žádnýmu programu - s výjimkou (od)instalátorů - bys neměl povolit úpravy v registrech. Pokud je ve výjimečných případech potřeba (nejvýše 1x za několik let), provádí se zásah do registrů ručně s chirurgickou přesností - tj. jseš na 200% jistej, že to, co mažeš či přidáváš je přesně to, co máš mazat či přidat a nikam jinam nešaháš.

Po Microsoft Office našiel aj tie registri čo sme ručne nevedeli nájsť a odstráni aj zložky súvisiace z programom.

A jaký byl tedy přínos této operace? Jak má nějakej program vědět, jestli náhodou tyto registry nejsou sdílené ještě s nějakým jiným programem, kterej je potřebuje pro svou činnost? Jaký smysl mám mazat prázdné složky? Myslíš, že promazáním registrů a prázdných složek se Ti zrychlí systém?