Jistě, za všechno můžou ty debilní Windows. Dobré je si to pěkně zkonstatovat.
Kdyby sis přečetl mnou odkazovaný článek (mimochodem na skvělých stránkách věnovaných provozu Windows na neprivilegovaných účtech), dozvěděl by ses, že problém se shutdown.exe je způsoben tím, že i pro místní vypnutí vyžaduje privilegia vzdáleného vypnutí, což normálně vyžaduje práva správce. Práva INTERACTIVE zajistí, že to půjde každému místně přihlášenému uživateli. Není v tom žádná magie, prostě to funguje.
Jinak tady máš tisíc způsobů jak vypnout Windows ze skriptu, včetně např. WMI a dalších, zda ti budou fungovat "out of box" závisí jen na tom, jestli požadují práva na vzdálené vypnutí.
http://www.robvanderwoude.com/shutdown.html