Já to dělám ručně.

Pokud je kvalitní(=přehledná) adresářová struktura dat, není to zas takový problém i bez nějakého softwaru. Nějaký dvoupanelový manažer, komandér, na jedné straně zdroj, na druhé záloha, nechat kopírovat všechny soubory zdroje do zálohy a vybrat přepsat pouze starší. Pokud člověk nešachuje se systémovým datem, funguje to.